[1]     לפשר סידור המסכתות בכל אחד מששת סדרי משנה קיימות גישות שונות. הגישה המקובלת על החוקרים (ראה רי"נ אפשטיין, מבוא לנוסח המשנה, ח"ב, עמ' 982) היא שאחד מן השיקולים של סידור המסכתות הוא שיקול צורני, והאופן שבו בו סודרו המסכתות הוא מן המסכת שנתרבו פרקיה למסכת שנתמעטו פרקיה (וראה כאן), לדוגמה בסדר נשים: יבמות (13), כתובות (12), נדרים (10), נזיר-סוטה-גיטין- קידושין (9). חריג לכך הוא סדר זרעים (וראה אצל אפשטיין שם). שיטות אחרות עוסקות בסידור ענייני, לאמור – הן מזהות קשר בין חוליה לחוליה באופנים שונים, כפי שנראה לקמן בדברי הגמרא והרמב"ם, וכן כתבו המאירי ועוד פרשנים. חכמי הסוד ראו במבנה המשנה ביטוי לרזי תורה, לדוגמה ראה פירוש מלאכת שלמה בפתיחה למסכת שבת, הכותב בשם רבו, רבי יוסף אשכנזי (ממקובלי צפת), כי כ"ד הפרקים במסכת שבת הם כנגד עשרים וארבעה קישוטי כלה. תפיסה זו הביאה את מקובלי צפת להנהיג את שינון משניות מסכת שבת בסמוך לסעודה, וראה אצל אהרון ארנד, "לימוד משנה וחברות משנה בעת החדשה" (כאן).

[2]     זהו הסדר המקובל בדפוסים ובחלק מכת"י, לדוגמה ראה כת"י פרמה וקטעי הגניזה T-S E1-95 בספריית אוניברסיטת קיימברידג'. לרמב"ם היה סדר שונה, ובביאור שיטתו נעסוק לקמן.

[3]     הרמב"ם בהקדמתו לפירוש המשנה מחלק את סדר נשים לשני חלקים באופן שונה:   
"וכאשר גמר עניני נשואין ודיני הפרת נדרים בא לדבר על הגירושין, לפי שאחרי הנשואין יארעו הגירושין, ולפיכך קבע גטין אחרי נזירות. ואחר גטין שׂוטה, מפני שגם היא מעניני הגירושין... ונשארה השאלה למה איחר קדושין, והיתה ראויה לקדם, ומקומה הראוי לפני כתובות. ואם תאמר שלא קבעה לפני כתובות כדי שלא יפסיק בין יבמות לכתובות כיון שהם ענין אחד, כלומר נישואי האשה, והסמיך את הדברים כמו שאמרנו, אם כן תהיה לפני גטין כדי שיהיה הסדר קדושין ואח"כ גטין אחריה. התשובה, שעשה כן חיקוי לסדר הכתוב, שדיבר בגירושין לפני הקידושין, והוא אמרו יתעלה 'וכתב לה ספר כריתות ונתן בידה ושלחה מביתו ויצאה מביתו והלכה והיתה לאיש אחר', וממה שנ' 'והיתה לאיש אחר' למדנו דרך מדרכי הקדושין, כמו שנתבאר מקיש הויה ליציאה, ובכך נסתיימה חלוקת הדברים בסדר נשים שבע מסכתות".

[4]     בדפוס ראשון של המשנה וכן בקטעי הגניזה T-S E2-67 המופיעים בספריית אוניברסיטת קיימברידג' סידור המסכתות הוא כשיטת הרמב"ם.

[5]     גישה נוספת לסידור המסכתות מופיעה בכת"י קאופמן (ראה כאן). על פי כתב יד זה סידור המסכתות הוא גיטין-סוטה-נזיר-קידושין. סידור זה משלב למעשה בין השיטות, מחד הוא רואה את גיטין וסוטה כיחידה אחת, העוסקות בענייני הפירוד, כרמב"ם, ומאידך הוא מסמיך את מסכת נזיר למסכת סוטה, על פי הדרשה הנזכרת בתלמוד בשם רבי.

[6]     שיטה זו מכונה "שיטת הגלגול", ולפיה התנא עובר מעניין לעניין ע"פ קישור מסוים. אודות הגישות השונות להבנת תופעה זו ראו מאמרו של הרב אברהם וולפיש, "שיקולים ספרותיים בעריכת המשנה ומשמעויותיהם", בתוך: נטועים, א' תשנ"ד, עמ' 33-60.